「第3のS」として新設された警察庁特殊急襲捜査班「NPS」（National Police Safetyrescue）。既にある「SAT」の機動力と「SIT」の捜査力を併せ持ち、犯人の生死を問わない「制圧」ではなく、生かしたまま捕らえる「確保」を目的とした彼らは、発足以降数々のテロ事件や捜査で実績を積みあげ、日本の治安を守る新たな砦として注目を集めていた。普段と変わらない生活をおくる人々。揺らぐことのない平穏。 その日常を切り裂くかのように、突如、バスジャック事件が発生。 出動要請を受けて現場に急行する神御蔵一號をはじめとしたNPS。だが、犯人からの要求は未だになく、メンバーは現場の状況に違和感を覚えるのであった。そんな中、太平洋沖で巨大な輸送船も何者かによって乗っ取られる緊急事態が！　積載した貨物は日本全土を燃やし尽くすほどの核燃料。一体、誰が何のために?!未曾有の事態に備え、緊急招集された首相はじめ閣僚が集まる官邸へ犯人と名乗る男から電話が入る。「裸で私はこの世に来た。裸で私はこの世から出ていかなければならない」スピーカーから響きわたるのは、あの因縁の男の声だった……。進み始めた日本壊滅へのカウントダウン。第4の「S」、海神（ポセイドン）こと海上保安庁所属特殊警備隊「SST」との共闘！この国の、そして、愛する人との未来を取り戻すため、「S」最後の作戦が、いま始まる。